Как подать уточненный расчет 6-НДФЛ, чтобы избежать штрафа и пени?

Здравствуйте! Случилась такая ситуация, ООО в конце декабря 2017 года переехало в другой регион, сменило юр.адрес, КПП.
Сейчас новая налоговая пишет, что у нас недоимка по налогу НДФЛ за 2017 год по новому ОКТМО, а по старому наоборот переплата. Все налоги платили вовремя и в полном объеме, декларации также сдавали вовремя.

В старую налоговую по старому ОКТМО платили НДФЛ за 1, 2, 3 квартал, октябрь, ноябрь. Сдали отчетность за 1 квартал, полугодие, 9 месяцев.
НДФЛ за декабрь 2017 оплатили в новую налоговую по новому ОКТМО, декларацию за 2017 год сдали в марте.
Соответственно сумма недоимки равняется уплаченному налогу по НДФЛ за сентябрь, октябрь, ноябрь по старому ОКТМО. Ошибка в декларации, эти суммы платили на старый ОКТМО, а декларация идёт уже с новым.

Сказали, что если писать заявление по форме КНД 1150057 о зачете суммы в счет недоимки, то начислят пеню (она уже набежала 5000), нужно сдавать уточненную декларацию. Но не понимаю как её сдать, ведь не весь налог за 2017 платился в старую налоговую, за декабрь платёж ушёл уже в новую.
Заранее спасибо за помощь!